Окраска в микробиологии витальной на бывает. Для витального наблюдения используются другие методы, например, можно заполнить фон мелкозернистой тушью, но это скорее для более крупных простейших способ. Или использовать фазовый контраст, конденсор "косого" освещения и т. д. Микроорганизмы в воде увидеть очень сложно, питьевую воду, к примеру, фильтруют через нитроцеллюлозные микрофильтры, которые потом культивируют в термостате. Или. Совсем необязательно использовать микроскоп и окрашивание - можно сделать посев на подходящую среду с агаром и наблюдать макроколонии невооруженным взглядом или, в крайнем случае, обычным бинокуляром при небольшом увеличении, окраска не требуется, как правило. А еще используются так называемые селективные среды.