никак вы её не накажете, т. к. её вины нет абсолютно никакой. законодательство она не нарушила, график отпусков обязателен как для работодателя, так и для работника. в отпуск она ушла в соответствии с утвержденным графиком и на основании подписанного руководством приказа. перенос отпуска на другое время возможен только в исключительных случаях и только с согласия работника. отзыв из отпуска возможен тоже только с согласия работника. ТК РФ не предусматривает обязанности работника "согласовывать" уход в отпуск по графику со всеми подряд посредственными и непосредственными руководителями.
а непосредственный руководитель должен вообще-то знать, кто и когда у него по графику в отпуск уходит и кто будет выполнять обязанности этих работников. так, что в сложившейся ситуации виноват исключительно "непосредственный руководитель", который не в состоянии нормально планировать работу своего отдела.