Был долго на больничном, 5 месяцев после ушел в отпуск по графику, может организация урезать отпуск из за больничного

Только отпуск за условия труда. Он предоставляется за время, фактически отработанное во вредных условиях труда. На больничном вы воздействия таких условий не подвергались.

нет

если только дополнительный, свыше 28 дней, который дают за фактически отработанное время.