В uTorrent'e появляется сообщение "Диск перегружен 100%" и скорость падает до пары килобайт. Что делать?

А может быть, завести на диске Д новую папку, назвать её "Загрузки" и
прописать путь загрузок туда в торрент клииенте и браузере?

Чуть-чуть подождать и фраза "Диск перегружен 100%" исчезнет.
Если вообще не хочется ждать - запускать дефрагментацию того диска (на который uTorrent закачивает файлы ) раз в неделю.

Удалять ту ебань которую уже накачал.

высокая фрагментация диска
дефрагментировать хотя б раз месяц полностью

Это, собственно, то и значит: диск не успевает за интернетом. Настройте буферы обмена и кэширование, проверьте скорость записи/считывания с диска, дефрагментируйте диск, поставьте в настройках торрента распределение места под файлы ДО закачки, поменяйте дата-кабель, выбросьте диск IDE и купите SATA, избавьтесь от промежуточных контроллеров. В общем, ликвидируйте "узкое место".

Одновременно работает много программ часто обращающихся к диску.
Завершите часть приложений которые в данный момент не нужны.