Какие нормативные ведомственные акты определяют общий порядок отбывания наказания в исправительной колонии?

Их довольно много, эти НПА регламентируют разные аспекты отбывания наказания. Ну вот несколько навскидку:

- Приказ Министерства юстиции Российской Федерации от 21.06.05 № 91 "Об утверждении Инструкции об организации воспитательной работы с осужденными в воспитательных колониях Федеральной службы исполнения наказаний";
- Приказ Министерства юстиции Российской Федерации от 02.08.05 № 125 "Об утверждении норм питания и материально-бытового обеспечения осужденных к лишению свободы, а также подозреваемых и обвиняемых в совершении преступлений, находящихся в следственных изоляторах Федеральной службы исполнения наказаний, на мирное время";
- Приказ Минздравсоцразвития России и Минюста России от 17.10.05 № 640/190 "О порядке организации медицинской помощи лицам, отбывающим наказания в местах лишения свободы и заключения под стражу";
- Приказ Министерства юстиции Российской Федерации от 01.12.05 № 235 "Об утверждении Инструкции о порядке направления осужденных к лишению свободы для отбывания наказания, их перевода из одного исправительного учреждения в другое, а также направления осужденных на лечение и обследование в лечебно-профилактические и лечебные исправительные учреждения" (с изменениями от 10.02.06 № 20);
- Приказ Министерства юстиции Российской Федерации от 31.01.2006 № 16 "Об утверждении Инструкции об организации и осуществления Министерством юстиции Российской Федерации ведомственного контроля за соблюдением прав человека в учреждениях и территориальных органах уголовно-исполнительной системы";
- уже упомянутый Александром Порощиным Приказ Министерства юстиции Российской Федерации от 06.10.2006 № 311 "Об утверждении Правил внутреннего распорядка воспитательных колоний УИС" и т. д, и т. п.

Кстати, я бы не рискнула назвать уголовно-исполнительный кодекс нормативным ведомственным актом)) )