Если сотрудник прилетел из командировки в 3 часа утра, должен ли в этт день он выходить на работу, если да, то со скольки?

не должен.... этот день считаетсяднем командировки

у вас в Приказе должно быть прописано с______по_____. Если Приказа нет, вам его ознакомиться не давали, вы не в командировке вы "в Прогул-загул" ушли самовольно в отпуск уехали и вас надо увольнять за прогул.

Положение о командировках смотрите.
И смотрите что в приказе о командировке. Какая дата стоит окончания?