Из каждой зоны (их всего 5: Запад, Центр, Юг, Урал-Поволжье и Восток) одна команда выходит в ФНЛ. Но могут возникнуть проблемы с финансами и проходит в след. дивизион, та команда, которая заняла 2-ое место (если, конечно, у них тоже хватит денег)
По одной команде из каждой зоны с первого места в зоне. итого 5 команд
Второй дивизион разделён по географическому принципу на 5 зон: «Запад» , «Центр» , «Юг» , «Урал-Поволжье» и «Восток» . Количество клубов в зонах меняется каждый год. В 2009 году в дивизионе была заявлена 81 команда.
Победитель каждой зоны переводится в первый дивизион. Клубы, занявшие последние места в зонах, теряют профессиональный статус и переводятся в Любительскую футбольную лигу. Во всех зонах, кроме одной, соревнования проводятся в два круга. В зоне «Восток» в связи с её малочисленностью проводится трёхкруговой турнир. По окончании сезона победители зон участвуют в турнире на Кубок ПФЛ, в ходе которого определяется абсолютный чемпион Второго дивизиона.