Есть человек или особо организованные протоны электроны и нейтроны?

Да особо организованные.
И в этой особой организации есть нечто такое, что больше, чем простое собрание.
Если ты просто собеорешь в кучу все элементы, то жизни не будет, даже если получишь протоплазму - аминокислоты.
А вот если будет жизнь, то всё начнет двигаться.
И эта жизнь есть нечто отдельное, чем сами элементы.

Человек отличается от других животных (которые мы считаем не разумными) своим высшим отделом головного мозга, где и таится тайна нашего разума. Все остальное - атомы, ядро и электроны, нуклоны, кванты и т. д. - это материя, фундамент материального мира.

Хуже того, особо организованная информация в определенном временном векторе, а протоны, электроны, мозги, очки и ботинки только части этой информации