Изоляция может быть пространственной, экологической, этологической, физиологической, механической и генетической. Например, этологические изолирующие механизмы у пауков основаны на видоспецифическом подавлении самцом агрессивного поведения самки, а у жуков-светляков — на привлечении самки характерными световыми сигналами. Если изолирующие механизмы внешне не выражены, говорят о видах-двойниках. Так, домовые мыши представлены несколькими видами-двойниками, различающимися числом хромосом. В природе чаще встречается пространственная (географическая или биотопическая) изоляция, не требующая больших энергетических затрат. Значительно менее распространены варианты генетической изоляции, связанные со стерильностью гибридных особей. В этом случае в популяции происходит избыточный расход ресурсов среды и половых клеток, воспроизведение которых также требует затрат. Вместе с тем, нескрещиваемость отдельных особей может быть индивидуальной и не связана с действием общих изолирующих механизмов.