закупоренная бутылка наполовину заполнена водой .Можно ли утверждать, что в верхней части бутылки нет малекул воды?

Утверждать, что в верхней части бутылки нет молекул воды нельзя, поскольку воздух над жидкостью содержит водяной пар. Чтобы получить водяной пар не обязательно кипятить воду. Вода испаряется и при комнатной температуре. В этом легко убедиться, если налить в блюдце немного воды и оставить на столе. Дня через три - четыре от воды ничего не останется, т. к. она вся испарится. Молекула воды в составе водяного пара ничем не хуже молекулы воды, находящейся в жидкой воде. Просто взаимодействуют молекулы между собой в составе пара слабее, чем в жидкости.

Нет, конечно.
Вода же испаряется, значит, в верхней части бутылки будет некоторое количество водяного пара.