почему во время Войны комиссары НКВД боролись с партизанами, тем самым помогая немцам?

Вы явно путаете соленое с зеленым. Коммисар НКВД отвечал за правильное идеологическое вопитание, коммандир партизанского отряда за освобождение своей территории от оккупантов. Если говорить о Второй мировой войне, то самый острый конфликт между комиссарами и коммандирами возник в Югославии.

Местные коммунисты во главе с Тито, когда посчитали прибыли и убытки, то поняли, что коммисарская помощь из Москвы не сравнима с военной помощью из Лондона. Расапава была жесткой. Даже советские войска, которые помогали в освобождении Белграда потребовали вывести. Главных местных комиссаров отправили на Голый Остров. На солнечной Адриатике есть не только пляжные места, но острова на которых жить можно только на привозной воде. Благодаря такому маневру страна на 40 лет была выведена из коммисарской власти. Жаль, что не устояла в пламени перемен 90-х годов.. .