Чтобы написать религиозную фантастику, надо брать разрешение у батюшки? Скажите пожалуйста, кто знает.

Не разрешение, а благословение.
Но никакой нормальный священник такого не благословит.

Если на создание чего бы то ни было требуется разрешение, значит это не может быть художественным произведением. Искусство подразумевает полнуют творческую свободу и следование только внутренним запретам и разрешениям, но никак не внешним.