В предложении "письмо от бабушки лежит на столе"к слову "от бабушки"можнозадать 3 вопроса. Какой вы будете использовать..

При морфологическом разборе вам надо определить падеж, значит, письмо (от кого? ) от бабушки--родительный падеж.
Письмо ( чье? ) от бабушки--это синтаксический вопрос к члену предложения. Несогласованное определение.
Письмо (откуда? ) --ошибка, здесь нельзя задать этот обстоятельственный вопрос, который задают от ГЛАГОЛА.
Сравните: Письмо пришло из деревни от бабушки. Пришло (откуда? ) из деревни, пришло (от кого? ) от бабушки
косвенное дополнение.