Привести примеры биоиндикаторов и их признаки, позволяющие анализировать качество среды: а) микроогранизмов, б) растений,

Тут целое поле кого можно использовать.
Конечно самым главным индикатором является количество микроорганизмов.
Например дафнии (рачки) живут в чистой воде богатой кислородом, по их количеству определяют чистоту питьевых рек.
Рас уж заговорили про ракообразных, можно вспомнить и креветок, как правило большинство видов креветок любят постоянность химического состава, изменение последнего приводит в стрессовое состояние животное.
На очистительных станциях используют аквариум с креветками, просто меняют их воду и смотрят на последующее поведение. Но можно работать и в открытых водоемах.
Различный фитопланктон (инфузории туфельки, эвглены зеленые, вольвокс и т. д) при высоком содержании органических остатков в водоеме начинают активно размножаться, вода начинает "цвести".
Растения позволяют определять состав почвы, (с помощью некоторых даже определяют мины в земле) . Как именно? Просто смотрят на цвет растения. Большинство из них меняет цвет при присуствии определенного, чаще матала в земле. Например всем известный тысячелистник бывает розовым, или беым.
Но в этой области я не спец. Больше знаю про индикацию воды.
Могу предложить про Метод Майера почитать: [ссылка заблокирована по решению администрации проекта] .priroda.su/item/299