если за период учёбы начислены Северные надбавки, будет этот период считаться стажем?

Стажем каким? Льготным? Общим? Вы не указали, что Вас интересует
За период учёбы начисляется ср. з/п и естественно северные надбавки входят. Общий стаж будет сохранён