Как открыть .run файл в ubuntu и вобще как устанавливать программы в ubuntu?

запустить .run
в консоли перейти в каталог и запустить ./filename.run, права должны стоять для текущего пользователя (или для пользователя, под которым устанавливаете)
установка программ из репозитория apt-get install programname
установка программ компилированием : ./configure, затем make && make install (с вариациями - смотрите README)
также есть центр приложений убунту, откуда можно установить ПО и synaptic, откуда можно установить ПО попакетно

с помощью балла!