Подскажите как в RegOrganizer отключить поиск набора управляющих параметров MACHINE/SYSTEM/ControlSet и можно чисти

Если нужно запретить поиск в какой либо ветке реестра при очистке: Команды - Настройки - Автоматическая чистка реестра - Исключения. Туда добавляешь нужные пути.