Работы программы не нарушится если удалить содержимое папки WINDOWS/Prefetch?

Нет, только после этого программы станут запускаться медленнее. Но, через какое-то время, файлы в этой папке создадутся заново. Что б их стереть и что б больше они не создавались, нужно сначала отключить системную службу Prefetch. Кстати, именно из-за непонимания работы этой службы, и появилось ламерское утверждение, что Vista и Win7 потребляют слишком много памяти. На самом деле это не так, просто, ось более рационально использует свободную память.

Вы думаете, что это ускорит работу компа. Этот миф основывается на предположении, что в папке %SystemRoot%\Prefetch скапливается слишком много файлов, поэтому Prefetcher начинает «тормозить» систему. В реальности очистка вышеуказанной папки приводит к замедлению работы компьютера до тех пор, пока трассировочные данные не будут снова накоплены

читать тут а потом думать что удалять и зачем http://ru.wikipedia.org/wiki/Prefetcher