есть 2 Ni-CD/NiMh аккумулятора: 0,5 А/ч и 3 А/ч. У какого из них внутреннее сопротивление больше?

Ёмкость с внутренним сопротивлением, в общем случае, не связана. Более того, она имеет тенденцию к изменению (увеличению) в процессе старения аккумулятора.

Так что пока не измерите - не узнаете.