почему фтизиатр поставил на учет, если тест отриц аллергия на манту

Это не аллергия на реакцию Манту, а положительная реакция, т. е. речь ведется о первичном тубинфицировании.
Поэтому фтизиатр и поставил ребенка на Д учет. Сдайте все необходимые анализы, а врач во всем разберется.