Почему Казань она? А не он, как Саратов.

потому что на "ь" заканчивается

По-русски, правильно Казань. Казан - это по-татарски. Казань - существительное женского рода. Если не нравится, говорите город Казань. Будет - он.

А почему не АстрахаН? Или Нижняя Новгородь?
Так истроически сложилось. Казань была задолго до бурлаков.