Если снять работающую программу в "Диспетчере задач" это тоже самое что и выход из программы?

да, если завершить дерево процессов этой программы, там же в диспетчере задач

Нет. При корректном выходи сохраняются некоторые настройки, отдаётся команда завершения, ну и многое другое в зависимости от программы.

При снятии в диспетчере задач, программа выполняется до следующего ключевого модуля а потом завершается в авральном режиме. Некоторые операции с низким приоритетом не выполняются. Это нестрашно и допустимо для системы.

При снятии процесса, жёстко завершаются все связанные с программой потоки, сохраняется только лог и некоторые значения из оперативной памяти. Система воспринимает это как не фатальный сбой.