1. Пощадить королеву рахни - в МЕ2 на Иллиуме получишь от нее весточку, в МЕ3 в побочной миссии кроганов (про отряд "Аралах") снова с ней встретишься, есть смысл спасти рахни, чтобы получить дополнительные военные ресурсы (если в МЕ1 королеву убил, лучше не спасать, позднее получишь сообщение, что рахни взбесились и их пришлось убить) .
2. Спасти Совет - в МЕ2 посол азари поблагодарит за это, но в МЕ3 будут меньше военные ресурсы. Убьешь Совет - продавец-турианец будет хамить, слегка поменяются другие диалоги, но ресурсов в МЕ3 будет больше.
3. Андерсон возглавляет Совет - в МЕ2 можно вернуть полномочия Спектра (если Удина - нельзя) . Слегка меняются диалоги, на сюжет не влияет.
4. Рекс выжил - в МЕ2 встречается в миссиях Мордина и Грюнта (если нет - вместо него более агрессивный Рив) . В МЕ3 придется его убить, если решишь обмануть кроганов с лечением. Рива можно обмануть без проблем.
5. Выбрать Самару - встретишься с ней в МЕ3 в побочной миссии с монастырем ардат-якши. Выбрать Моринт - можно иметь с ней близость после основной кампании МЕ2, в МЕ3 встретится на Земле, превращенная в баньши.
6. Отдать Легиона - встретится как противник на базе "Цербера" в МЕ3. Невозможно будет помирить кварианцев и гетов.
7. Лечить генофаг - саларианцы будут недовольны, не присоединятся к Горну. Обмануть с лечением - присоединятся и саларианцы и кроганы (если вожак Рив) .
Существуют еще ряд мелких нюансов в зависимости от того, сохранил результаты исследований Мелона или нет, лояльны были в МЕ2 Миранда, Касуми, Заид, оправдал Тали или ее изгнали, кто выжил в финальной миссии МЕ2 и т. д.
⇢ 