Климат узкой прибрежной полосы вдоль Средиземного моря - субтропический, на остальной территории - пустынный тропический. Воздух здесь исключительно сухой, круглый год малооблачно, дожди бывают очень редко. Для Египта характерны резкие колебания температуры. Например, в январе-феврале в Каире в полдень температура может достигать 29°C, а ночью падать до 0°C и ниже. В Асуане в ноябре воздух может днем прогреваться до 41°C, а ночью охлаждаться до 3°C. Средняя температура января изменяется с севера на юг от 14 до 17 °C, июля - с 26 до 33°C.
Не очень приятной особенностью весеннего периода является хамсин - горячий и сухой юго-восточный ветер, дующий из пустыни. Температура воздуха во время хамсина повышается до 40°C, влажность падает до 10%. Пыль, принесенная хамсином, проникает повсюду - в дома, машины, забивает глаза, рот, нос. Даже при запертых дверях и закрытых окнах в помещениях чувствуется присутствие пыли, принесенной этим ветром. Продолжительность хамсина от одного до нескольких дней, а его период может закончиться выпадением "грязевого" дождя. Хамсин означает по-арабски "пятьдесят", именно столько дней в году дуют безжалостно обжигающие ветра.
Осадков в год менее 100 мм на большей части территории, 200-400 мм на севере. Большая часть страны расположена на плато (плато Ливийской пустыни, Аравийской пустыни, Нубийской пустыни) высотой от 300 до 1000 м. На северо-востоке отдельно лежит Синайский полуостров - наиболее возвышенное место страны.
Из-за засушливости климата растительности мало. Большинство районов лишены сплошного растительного покрова. Практически вся растительность сосредоточена в дельте Нила, нильской долине и оазисах. Наиболее распространенное дерево - финиковая пальма. Среди других растений: сикомор, тамариск, акация, кипарис, мимоза, миртовое дерево. Папирус, ранее росший в большинстве мест, теперь остался только на юге. Из-за засушливого климата животных в Египте немного.
В пустынях обитают газель, пустынная лисица, гиена, шакал, дикий осел, кабан, тушканчик, египетский мангуст. В древности в Ниле водилось большое количество крокодилов и гиппопотамов, теперь они обитают в верховьях Нила. Среди рептилий несколько видов ящериц и ядовитых змей, в том числе рогатая гадюка и кобра.
В Египте, в основном в дельте Нила, обитает около 300 видов птиц, в том числе пеликан, фламинго, цапля, нектарница, иволга, эгретка, сокол, орел, стервятник. Большое количество насекомых, а в пустынных регионах - скорпионов. В Ниле и озерах региона дельты обитает около 100 видов рыб.