С помощью какой программы можно качественно отформатировать флеш-накопитель Kingston Datatraveler

Пользуйся стандартной виндовской или Auslogick Boot Speed.

HP USB Disc Storage Format Tools
Для любых флэшек.
Есть возможность выбрать формат, в то время, как в стандартной винде не дает...

самое надёжное будет зайти на их сайт и скачать утилиту для форматирования.
при использовании средств сторонних производителей, очень большой шанс получить глюки, а вам это надо?