при работе в системе периодически появляется (на долю секунды) , командная строка.

Что-то нехорошее стоит в автозагрузке.

А операционную систему угадать? Впрочем, вирусы бывают только в одной. Идите на официальный сайт мелкомягких, скачивайте Process explorer (а лучше ещё и Process monitor) запускайте и смотрите, что за процесс дёргается. Потом лечите.