могут ли в обычной школе отказать в переводе на экстернат (самостоятельное обучение)

Нет, не могут, выбор формы обучения (очная, заочная, экстернат, семейное образование) остается за родителями ученика. Правда, это должно быть прописано в Уставе учреждения (должно быть прописано, в соответствии с Законом об образовании)