Практически никаких. У научного метода два основных принципа - логическая доказуемостьь и экспериментальная проверямость. Эксперимент причем должен быть независимым и воспроизводимым. Когда этот метод применяется к изучению законов материального мира все прекрасно - лучше его ничего нет. Но есть масса других проблем к которым научный метод не применим. Например, попытка с помощью научного метода ответить на вопрос - БЫЛО ИЛИ НЕТ В ТАКОМ-ТО ГОДУ ТАКОЕ-ТО СОБЫТИЕ обречено на неудачу. Именно поэтому, например в криминалистике научный метод применяется к изучению конкретных фактов и улик - к примеру, снятие и сравнительный анализ отпечатков пальцев. А вот к оценке ВИНОВЕН ЛИ КОНКРЕТНЫЙ ЧЕЛОВЕК научный метод неприменим.
Субъективное толкование результатов.