для УФНС можно ли заверить копию свидетельства о собственности, при сдаче в аренду, не у нотариуса а печатью компании?

Печать компании то тут причем, заверяют документы только те лица или субъекты, которые имеют непосредственное отношение к данному документу. Хотя Вы и являетесь собственником, но не имеете полномочий на заверение, как нотариус. Это первый аспект, а второй, зачем Вам предоставлять Свидетельство на право собственности в налоговый орган. У Вас истребовали документы в рамках контрольных мероприятий или что?

Тут вопрос о регистрации, насколько я понимаю.
Копия свидетельства о праве собственности не входит в обязательный комплект документов. Это закон.