как оформить компенсации работникам после завершения аттестации рабочих мест

Смотря какие. Обычно это делается приказом.

Если вы имеете ввиду денежные компенсации, которые носят постоянный характер, то сначала приказ начальника организации, на основании которого внесение изменений в трудовой договор в части, касающейся оплаты труда.