Юридическое лицо внесено в реестр недобросовестных поставщиков. Являются ли автоматически его филиалы "недобросовестным"

естественно, филиал же не является самостоятельным юр. лицом, а является обособленным подразделением юр. лица, признанного недобросовестным.

А что филиалы это не тоже юридическое лицо.
Филиал это всего лишь подразделение юридического лица и составляют одно целое.
Если целое является недобросовестным, то его часть получает тот же ярлык.