Как лучше - в каком формате сканировать и как сохранить одним файлом бланк из 2-3 страниц, заполненный вручную?

Если там текст, нет картинок, примерно А4 формата и растягиваться не будет, выставьте 150 dpi и градацию серого на всякий случай. Размер файла небольшой, качество хорошее
В PDF формат. Если сканер поддерживает, то сразу в 1 файл и отсканирует.
PDF распространённый формат, проблем с открытием у других возникнуть не должно. Если что, пусть ставят Adobe Reader официальных разработчиков.