Если работник принес справку-вызов на работу, написал заявление, а сам работает? Ходит на учебу только по выходным?

Издавайте приказ об учебном отпуске, оплачивайте отпускные... .
более никаких денег за время отпуска вы ему НЕ ДОЛЖНЫ

..ну и. . следите за работником- надо полагать что он занимается частными делами на своём рабочем месте и (или) расхищает имущество предприятия