Первоначально город был назван Санктъ-Питеръ-Бурхъ – на голландский манер, так как Пётр I жил и учился некоторое время в Нидерландах.
Именно так и записал он в дневнике в 1703 году: “В мая 16-й день фортецию заложили и нарекли имя оной СанктЪ-ПитерЪ-БурхЪ”.
Отсюда и пошло разговорное сокращение "Питер", которое возникло уже в первые годы существования города.
А название в форме Санктъ-Петербургъ – по немецкому образцу – стало употребляться позже, с 1720 года.
P.S. Если считать, что слово Питер придумали "нехорошие люди", тогда к таковым следовало бы причислить и известнейших русских писателей и поэтов, которые его широко употребляли, – таких, как А. Н. Радищев, К. Н. Батюшков, И. А. Крылов, Н. В. Гоголь, Н. А. Некрасов
... а также всех исполнителей русской народной песни "Вдоль по Питерской"...
Я уж не говорю про Александра Глебыча Невзорова )))))
P.P.S. От слова Питер произошло финское официальное название Санкт-Петербурга – Pietari.
Санкт Петербург от слова ПЁТР. А Питер - это сленг, а слег не обязан соответствовать правилам русского языка.
Вопрос коректнее поставить: почему Питер, а не Петер. Но, наверно, потому, что Питер приятнее звичит и для русского уха этот вариант приемлемей.
Город был назван в честь Святого Петра - "ангела Петрова".
А обзывание Питер придумали нехорошие люди.