Самое главное - оказались неготовы к той войне, которую вел Вермахт - быстрые решительные удары на окружение массированными кулаками из бронетехники и мотопехоты. Больше готовились к атакующим и контратакующим действиями, а с организацией обороны было плохо.
Армия была в стадии переформирования, техники было много, а некомплект личного состава очень большой. Тут и репрессии повлияли, и то, что армия численно бысро росла. Отсюда большая некомпетентность командного состава, которая дорого стоила.
Ну и не угадали с направлением главного удара немцев. Его ожидали в Западной Украине, и там были сосредоточены самые большие силы РККА. А немцы главный удар нанесли в Белоруссии, там произошел самый большой разгром советских войск в начале войны.