Если в четвертях 3 3 4 4 а по ГИА 3! То что выставляется?

Насколько я знаю из годовой и из оценки по экзамену вычитают средний бал. Например, в вашем случае, годовой оценкой является 3.5, а оценкой по экзамену 3. (3.5 + 3) : 2 = 3,25 (оценка - три).