должен ли я сам оплачивать дополнительное обследование (МРТ) от военкомата, если нет то что за кодекс регулирует военком

Если на МРТ направляет именно военкомат, то он потом и компенсирует ваши расходы, а если это чисто ваша личная инициатива, то это уже ваши личные проблемы.