Есть ли сюжет в Mass Effect 3? Или это просто стрелялка с определенным количеством локаций?

Есть, конечно. Причем основная линия хотя и предсказуема - боремся со Пробудившимся Древним Злом, в финале побеждаем - зато по ходу игры будет несколько интересных сюжетных поворотов. И подано эффектно.

Есть конечно.. . Причём мы на него влияем своими действиями на протяжении трёх игр.
Совершённое в первой игре влияет на события в третьей. Но для этого нужно переносить сейвы: из МЕ1 в МЕ2, из МЕ2 в МЕ3. Но для тех кто не хочет проходить МЕ1 и МЕ2 есть специальный сайт с сейвами http://www.masseffect2saves.com/