счет фактуру за 3 кв 2012 года на зачет не включила в отчет по НДС, сдала доп отчет, что нарушила?

У вас, судя по всему, НДС к уплате получился меньше чем был первоначально. Ну, ждите камеральной проверки.
А так - ничего не нарушили. Сдавать уточненные декларации - нормальное право налогоплательщика.
Правда, если НДС к доплате - тут есть какой-то нюанс, что сначала его следует доплатить.. . но это я не в теме

ничего не нарушено, если будет камеральный контроль, напишите письмо и приложите копию счет-фактуры.