У работодателя имеется обязанность налогового агента в день выплаты любого дохода, кроме аванса, удерживать из зарплаты (другого дохода) работника и перечислять в бюджет НДФЛ. Минимум, это происходит раз в месяц. Если выплачиваются другие доходы, например, отпускные, то еще и в день выплаты отпускных. Ст, 226 НК РФ
Неперечисление или неполное перечисление налоговым агентом сумм налогов является налоговым правонарушением, предусмотренным ст. 123 НК. РФ. Оно наказывается в соответствии с этой статьёй штрафом в размере 20% от неперечисленной суммы и пеней за каждый день просрочки.
Работодателя накажет ИФНС так же за несвоевременное представление отчетности по 2НДФЛ, если такое было.
А Вам не надо сильно волноваться по этому поводу. Главное, что у Вас ндфл удержали. Вы лично не несете никакой ответственности в данном случае