Зарегистрировался на WebMoney, а если я долго не буду пополнять кошелек, то пени не будет или каких-нибудь штрафов?

не будет

вы же свои кладете, а не чужими пользуетесь

У Webmoney нет аб. платы за использование ящика (хранение в нем денег) . Однако, если хранимая на всех кошельках одного аккаунта (WMID) сумма превысит эквивалент 500 USD, то с большой долей вероятности учетная запись будет заблокирована и система предложит получить персональный аттестат.