Если исходить из законов линейной оптики этого быть не может. Уменьшение относительного отверстия увеличивает глубину резкости, но ни при каких обстоятельствах не смешает плоскость фокусировки. Кстати, в режиме автофокуса фокусировка всегда происходит при открытой диафрагме, а потом диафрагма закрывается.
Очень часто возникает некая иллюзия бэк-фокуса. Это связано с тем, что зона резкости (в глубину) находится примерно в таком соотношении: 1/3 перед плоскостью фокусировки и 2/3 позади. Отсюда людям часто кажется, что фокус смещён назад. Попробуйте сделать дополнительные тесты (с жёсткого штатива) . Попробуйте также сравнить с режимом LiveView, потому в этом режиме фокус можно навести идеально (непосредственно по матрице) . Тогда Вам будет очевидно — есть ли необходимость обращаться в сервис. Не исключено, что проблема не объективе, а в камере. Однако все эти вещи вполне настраиваемые.
А на AF Nikkor 50/1.8 D грешат только те, кто не знает, насколько это интересный объектив, несмотря на его скромную цену. По резолюции он один из самых лучших современных фиксов, плюс у него практически нулевая дисторсия и почти отсутствует виньетирование и падение резкости по краям кадра (на FF). Но главное — исключительно живописный рисунок, причём разного характера в зависимости от диафрагмы. По последней причине он не годится для репортажа, но для художественных работ очень хорош. А для репродукций живописи считается профессиональным стандартом.