Скачивается папка 90гб, после того как днем комп включаю, вначале идет проверка скачанного (часа 3-4) потом начинает скачиваться дальше. Так постоянно)) Как этого избежать можно? 
Никак. Торрент-клиент проверяет размер скачанного файла и продолжает загрузку.
У меня такая хрень, если программа закрыта была не корректно, например отключение электричества. Попробуй перед закрытием проги остановить все загрузки (стоп) , потом закрой программу. При включении запускай по одному. И не удаляй кеш.
избежать этого никак не получиться, так как торрент-клиент проверяет целостность файлов (в вашем случае папки) длительное время проверки означает что в папке большое количество мелких файлов или же ваш компьютер слишком загружен другими операциями, либо вовсе процессор слабый и не тянет такое количество операций в секунду, факторов долгой проверки много у вас либо все либо несколько
⇢