Помогите с 1с. Как сделать так, чтобы при помечении на удаление реализации, помечалась и соответствующая счет-фактура ?

Если 8.1,2,3, то с помощью подписки на событие:
1. заходим в конфигуратор;
2. добавляем подписку на событие ПослеЗаписи документа РеализацияТоваровУслуг;
3. в подписке пишем код, который по реализации ищет счёт-фактуру и помечает его на удаление.

Вообще, неплохо бы писать версию платформы и название конфигурации.

Помечаете реализацию на удаление, входите в нее, через кнопку "перейти" отмечаете на удаление счет-фактуру, которая привязана к этой реализации

Обращайтесь к программисту для изменения программы - иначе никак, только вручную