Физ. лицо по договору подряда в 1С проводить как сотрудника? Принимать потом увольнять? Или есть другие способы оформления?

Наверное от конфигурации зависит. У нас есть документ "Договор на выполнение работ с физ. лицом"

Мы делаем проще. Если принимать, увольнять, то надо все налоги платить еще к этой сумме. А зачем Вам доп проблемы. Я выплачиваю деньги за работу (например холодильник делали) , потом прикладываю чек на эту сумму (купили что-то для ремонта помещения или оборудования 10 счет, запчасти для машины).