Можно ли сейчас ехать в Прагу туризмом и не делают ли отказ в визе по причине наводнений?

Поехать можно. Отказ по причине наводнений не дадут. Но могут дать отказ по другой какой-нибудь причине.
В визах могут отказывать, если в стране чрезвычайное положение введено на всей территории. А тут только Прага.