я приехала в Санкт-Петербург из Хабаровска по ВПД, где можно поставить отметку о прибытии?

А Вы обратитесь в воинские кассы на вокзале, думаю там точно подскажут. Либо в комендатуре.

Военная комендатура Санкт-Петербурга Санкт-Петербург, Садовая ул. , 3/5
Время работы:
Пн-Пт: 09-16, обед 13-14, Сб, Вс: выходной

Телефоны:
тел. +7(812)5718104
тел. +7(812)4942313