Дело в том, что для оплаты (как правило не менее 50%) уставного капитала юридическому лицу открывается не расчетный счет а временный НАКОПИТЕЛЬНЫЙ СЧЕТ и исключительно только для этих целей. Временный накопительный счет закрывается после государственной регистрации юридического лица и открытии ему уже расчетного счета, который открывается при наличии (в числе прочих документов, необходимых для открытия расчетного счета) свидетельства налогового органа о постановке юридического лица на налоговый учет. На открытый расчетный счет по заявлению клиента - юридического лица перечисляются денежные средства, внесенные в оплату уставного капитала. В данном случае, об открытии РАСЧЕТНОГО счета и банк, и клиент-юридическое лицо обязаны в порядке и сроки, установленные Налоговым кодексом РФ. Для открытия же временного НАКОПИТЕЛЬНОГО СЧЕТА не требуется постановки на налоговый учет и, соответственно, сообщать в налоговый орган о его открытии, поскольку временный накопительный счет не является "банковским счетом" в смысле статьи 11 Налогового кодекса РФ.
Возможно банк неверно определил вид счета. а именно, "расчетный счет ", вместо "временный накопительный" счет, и в силу этого ошибочно информировал налоговый орган.