Есть ли налог за то что владеешь двумя квартирами, одна 86 кв.метров, другая 40 кв.метров?

Есть. Налог на недвижимость.

Есть налог на имущество физлиц.
Платить по уведомлениям налоговой.
Налогооблаг. база- инвентариз. стоимость квартиры.
нет уведомления- не платите.
Придет уведомление- заплатите в срок, указанный в уведомлении.
Если недавно право собственности приобрели, то налоговая может раскачиваться долго, и соотв. пришлет м. б. потом сразу за два или три прошедших года уведомление по налогу.
Больше чем за три года прошедших невправе выставлять налоговая.
В будущем, и скоро, будет нов. налог- на недвижимость, и платить надо будет с кадастр. стоимости.