нужно знать причину. . а она может быть как простая (не размялся или нетренированный) .так и "сложная",например-недостаток кальция в организме. отложение солей, остеопороз. . конечно, голову не забивайте ужастиками, но надо подумать и обследоваться, раз так. . ну и продолжать по 3- мин. бегать все таки. . .в легком темпе. . .предварительно хорошо размявшись, особенно голеностоп....
Вы не сказали какой у вас возраст, как давно занимаетесь лыжами и, соответственно, как давно проявились боли.
Это может быть слабый сустав, лёгкий подвывих или небольшое растяжение связок. Лучше проконсультироваться с хирургом-ортопедом.
В любом случае снизьте интенсивность тренировок - скорость, дистанцию - на какое-то время, пока не пройдет. Можно помазать в это же время сустав чем-то типа Трокзевазина или просто йодной сеточкой покрывать.